E-ticaret sitesinin altyapısı; ürünlerin sisteme eklenmesinden siparişlerin yönetimine, ödeme sistemlerinden kargo entegrasyonlarına kadar günlük operasyonun önemli bir bölümünü belirliyor. Hazır e-ticaret paketleri teknik geliştirme ihtiyacını azaltabilirken açık kaynak veya özel yazılım çözümleri işletmeye daha geniş özelleştirme imkânı sunabiliyor. Tercih yapılırken yalnızca başlangıç maliyetine değil, işletmenin büyüme planına ve ileride ihtiyaç duyabileceği özelliklere de bakılması gerekiyor.
Alan adı, mobil uyumluluk, sayfa açılış hızı, güvenlik, yedekleme, stok ve sipariş yönetimi gibi unsurlar altyapı seçiminde birlikte değerlendirilmeli. Özellikle mobil cihazlardan alışveriş yapan kullanıcılar düşünüldüğünde sitenin farklı ekran boyutlarında sorunsuz çalışması önem taşıyor. KOBİ’lerin, e-ticaret altyapısı seçerken kolay yönetilebilir bir panel kadar ürün sayısı ve sipariş hacmi artışını da göz önünde bulundurarak sistemin bu büyümeyi destekleyebilmesini dikkate alması gerekiyor.